H5N6禽流感首例在花蓮爆發後，農委會防檢局今天(12日)表示，台南六甲區1家火雞場的雞隻也確診感染H5N6，地方已立即啟動防疫機制，且因已有2縣市爆發疫情，農委會依法建請行政院成立跨部會中央災害應變中心，提升防疫層級。至於日前花蓮出現首起疫情後，有運鴨車在實施水禽禁運前，將鴨禽送往宜蘭屠宰場，農委會表示，這批鴨子已於11日確診H5N6，除了防疫及撲殺工作外，為加強管制，自13日起，所有陸禽也不得運出花蓮縣。
H5N6禽流感在台疫情升溫，農委會防檢局12日舉辦記者會，宣布台南六甲區花蓮縣光復鄉汽車借款 1家火雞場，已經確診有3千多隻不尋常死亡的雞隻也感染H5N6禽流感病毒。防檢局長黃?昌指出，防檢單位將針對此案半徑3公里所有家禽採樣送驗，並訪查半徑5公里內131家養禽場，水禽將全面送檢，尤其是流感症狀較不明顯的鴨子，陸禽則是在上市前需有獸醫師開立健康證明。
由於已有2縣市爆發疫情，農委會主委林聰賢依法建請行政院成立跨部會的中央災害應變中心，全面提升防疫層級。農委會副主委陳吉仲說：『(原音)主委要求所有防疫動員能量要提升，不只是會內的動員能量，我們也希望可以結合全國大專院校4個區的區檢中心，從防疫檢測到最後的撲殺的所有程序，可以全面動員。主委特別關心所有在防疫第一線工作同仁，要確保做好自身防衛機制。』
另外，針對花蓮首例H5N6案例確診後，有在地運禽車在水禽禁運令實施前，將一批鴨子運往宜蘭屠宰場。黃?昌表示，這批鴨子已於11日確診H5N6，防檢單位已全面撲殺共3,787隻，而花蓮縣也在拉高防疫層級，自12日起，禁止陸禽運出花蓮縣，21日前，若無新疫情，才會解除禁運。而農委會也在東部各縣市設立檢查站，防堵疫情。
疾管署表示，針對花蓮傳出的這2起確診案例，目前共列管318人，其中針對養鴨車一案，新增73個列管名單，主要是宜蘭屠宰場從嘉義縣新港鄉身分證借錢
業人員及花蓮養鴨業者。疾管署將每日追蹤健康狀況，若有類流感症狀將立即送醫、通報。至於台南方面，目前在地衛生單位仍在統計列管人數。
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